Pemberontakan PRRI/Permesta

     Selama munculnya berbagai pemberontakan, di daerah-daerah tertentu timbul pula pergolakan hebat. Pokok persoalnya adalah adanya rasa tidak puas dan tidak percaya kepada pemerintah pusat. Mereka melakukan gerakan yang melawan hukum, antara lain dengan mendirikan berbagai dewan seperti berikut.

• Dewan Banteng di Sumatera Barat yang dipimpin oleh Letnan Kolonel Achmad Husein.
• Dewan Manguni di Sulawesi Utara yang dipimpin oleh Letnan Kolonel Vince Samuel.
• Dewan Gajah di Sumatera Utara yang dipimpin oleh Kolonel Maludin Simbolon.
• Dewan Garuda di Sumatera Utara, pendirinya adalah golongan polintik tertentu yang mendukung Letnan Kolonel Barlian dan aktivitasnya dipimpin oleh Mayor Nawawi.

     Pemerintah berusaha menyelesaikan persoalan di daerah-daerah secara damai, namun mereka tetap berkeinginan memisahkan diri dari pemerintah pusat. Pada tanggal 10 Februari 1958 Ketua Dewan Banteng Letnan Kolonel Achmad Husein segera memproklamasikan berdirinya Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia (PRRI) dengan Syafuddin Prawiranegara sebagai perdana menteri. Pusat kedudukan PRRI berada di Bukit tinggi.

      Pemerintah bertindak tegas menghadapi berbagai pemberontakan itu. Komando Daerah Militer Sumatra Tengah segera dibekukan. Letnan Kolonel Achmad Husein dan kawan-kawannya dipecat dengan tidak hormat dari dinas militer. Oleh karena usaha penyelesaian secara damai tidak berhasil, pemerintah terpaksa menggunakan operasi militer. Operasi penumpasan pemberontakan PRRI diberi nama sandi Operasi 1 Agustus yang dipimpin Kolonel Ahmad Yani.

     Secara bertahap pasukan pemerintah berhasil merebut kota-kota yang dikuasai pasukan PRRI. Pada tanggal 4 Mei 1958 pusat pertahanan para pemberontak di Bukit tinggi dapat direbut dan sisa-sisa pasukannya dapat dihancurkan.

     Pergolakan juga terjadi Sulawesi Utara. Pada tanggal 17 Februari 1958, Letnan Kolonel D.J. Domba sebagai Komandan Komando Daerah Militer Sulawesi Utara dan Tengah (KDMSUT) memutuskan hubungan dengan pemerintah pusat. Ia menyatakan berdirinya gerakan Perjuangan Rakyat  Semesta (Permesta), dan dengan terang-terangan mendukung PRRI.

     Operasi militer segera dilakukan dengan diberi sandi Operasi Sapta Marga dan Operasi Merdeka. Operasi militer ini dipimpin Letnan Kolonel Rukmito Hendraningrat. Operasi militer yang dilancarkan sejak April-Agustus 1958 berhasil menghancurkan para pemberontak Permesta.

     Pemberontakan Permesta mendapat bantuan dari kekuatan asing, seperti Amerika Serikat dan negara-negara Barat. Hal ini dibuktikan dengan serangan udara yang dilakukan pilot berkebangsaan Amerika Serikat, Allan Pope. Namun, pesawat yang dikemudikannya berhasil ditembak jatuh oleh pasukan APRI dan AURI.